مدرسه دو مناره، سازه‌ای مربوط به دوران سلجوقی است که به نمادی از ارزروم تبدیل شده است. عموماً پذیرفته شده است که این مدرسه در اواخر قرن سیزدهم ساخته شده است. همچنین به آن مدرسه خاتونیه نیز می‌گویند، زیرا این باور وجود دارد که ممکن است توسط هوندی خاتون، دختر سلطان سلجوقی علاءالدین کیقباد، یا توسط پادیشاه خاتون از سلسله ایلخانیان ساخته شده باشد.

این مدرسه با ابعاد تقریبی ۳۵ در ۴۶ متر، نمونه‌ای برجسته از مدرسه‌های دو طبقه، چهار ایوانی (سالن طاق‌دار) و حیاط باز است. حیاط آن با ابعاد ۲۶ در ۱۰ متر، از هر چهار طرف توسط طاق‌نماها احاطه شده است. اتاق‌های طلاب و اساتید در دو طرف حیاط قرار دارند.

این مدرسه نوزده اتاق در طبقه همکف و هجده اتاق در طبقه اول دارد. فضای مربع شکل در غرب ورودی به عنوان مسجد مورد استفاده قرار می‌گرفت.

این مقبره که به ایوان اصلی در جنوب متصل می‌شود و یک اتاق دفن در زیر آن قرار دارد، بزرگترین مقبره از نوع خود در آناتولی است. بدنه آن دوازده ضلعی است که از بیرون با سقف مخروطی و از داخل با گنبدی پوشیده شده است. لبه بام‌ها با نوارها و گچبری‌های تزئینی تزئین شده‌اند.

تزئینات، به ویژه تزئینات دروازه اصلی مدرسه دو مناره، نمونه‌های باشکوهی از عمق و درک زیبایی‌شناختی تزئینات سنگی سلجوقی را تشکیل می‌دهند. عناصر گیاهی عمدتاً در تزئینات استفاده می‌شوند. نقوش نخل و رومی بیشترین کاربرد را دارند و هماهنگی بین این دو نقش برجسته است.